Untuk mencegah kehadiran makhluk perosak dalam premis makanan, langkah pencegahan perlu bermula dengan pengurusan persekitaran yang baik. Langkah penting termasuk memastikan semua laluan masuk seperti rekahan, celahan pintu, tingkap dan lubang utiliti ditutup dengan rapi bagi menghalang tikus, lipas dan serangga daripada memasuki kawasan penyediaan makanan. Selain itu, amalan kebersihan yang konsisten seperti pembersihan tumpahan makanan, pengurusan sampah yang betul, serta penyimpanan bahan makanan dalam bekas bertutup dapat mengurangkan sumber makanan dan tempat persembunyian makhluk perosak. Susun atur stor yang tersusun, penggunaan konsep FIFO serta memastikan jarak antara barangan dan dinding juga membantu mengelakkan pembiakan dan sarang tersembunyi.
Dari segi kawalan tanpa menggunakan bahan kimia berbahaya, kaedah fizikal seperti perangkap tikus mekanikal, glue traps atau perangkap cahaya UV untuk lalat merupakan pilihan yang selamat dan sesuai digunakan dalam kawasan makanan. Selain itu, kawalan persekitaran seperti mengurangkan kelembapan, memastikan ventilasi yang baik, serta mengekalkan suhu yang tidak menggalakkan pembiakan makhluk perosak dapat membantu mengekang kehadiran mereka. Kawalan ini bukan sahaja selamat tetapi juga selari dengan piawaian kebersihan makanan kerana tidak mencemarkan makanan atau permukaan penyediaan makanan.